Obwohl da keine ist

Hast du in deinem Posteingang eine Mail, die du noch nicht geöffnet/dir angesehen hast (z.B. Newsletter, der dich momentan nicht interessiert)?
In diesem Fall geht in der Taskleiste so lange ein kleines Fenster auf: "Lokale Ordner hat 1 neue Nachricht" bis sie angeklickt oder gelöscht wird.

das problem han ich auch: wenn ich thunderbird länger offen lasse, taucht "Lokale Ordner hat x neue Nachrichten" auf. Meistens steht da 15. Obwohl keine Ankommen und keine aufm Server sind!

Da du sagst, dass auf dem Server auch keine neuen Mails sind, wirst du ja bei den Einstellungen ein Häkchen bei "Neue Nachricht automatisch herunterladen" gesetzt haben.
Mal die Junk-Filter Einstellungen ansehen (ob Mails verschoben wurden).
Mal probieren, ob beim Posteingangsordner das Komprimieren etwas bringt.
Ansonsten vielleicht auch bei folgendem Link mal nach einer Lösung suchen:
http://www.thunderbird-mail.de/forum/